ระบบการศึกษาในระดับประถม มัธยม และอุดมศึกษาถูกนำมาใช้ตั้งแต่ พ.ศ. 2451 ซึ่งเป็นผลจากการปฏิรูปเมจิ ตั้งแต่ พ.ศ. 2490 การศึกษาภาคบังคับของญี่ปุ่นมีระยะเวลา 9 ปี ตั้งแต่ประถมศึกษาจนจบมัธยมศึกษาตอนต้น ซึ่งเกือบทั้งหมดจะเรียนมัธยมศึกษาตอนปลายต่อ จากข้อมูลของกระทรวงการศึกษาของญี่ปุ่น (MEXT) ใน พ.ศ. 2547 พบว่าร้อยละ 75.9 ของผู้จบการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายจะเรียนต่อในมหาวิทยาลัย วิทยาลัย หรือสถาบันอุดมศึกษาอื่น ๆ การศึกษาในญี่ปุ่นเต็มไปด้วยการแข่งขัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งการสอบเข้าเพื่อเรียนต่อในมหาวิทยาลัย โครงการประเมินผลการศึกษานานาชาติ (Programme for International Student Assessment: PISA) ซึ่งจัดขึ้นโดยโออีซีดี จัดอันดับให้เด็กญี่ปุ่นมีความรู้และทักษะเป็นอันดับ 6 ของโลก มหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงในญี่ปุ่น เช่น มหาวิทยาลัยโตเกียว มหาวิทยาลัยเคโอ และ มหาวิทยาลัยเกียวโต เป็นต้น