ประเทศญี่ปุ่นตั้งอยู่ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงเหนือระหว่างมหาสมุทรแปซิฟิกเหนือและทะเลญี่ปุ่น พื้นที่ของญี่ปุ่นคิดเป็น 377,873 ตารางกิโลเมตรซึ่งมีขนาดใกล้เคียงกับประเทศเยอรมันและสวิตเซอร์แลนด์รวมกัน หรือมีขนาดเล็กกว่าแคลิฟอร์เนียเล็กน้อย ประเทศเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดคือประเทศเกาหลีใต้ รัสเซีย และไต้หวันซึ่งอยู่ใกล้กับหมู่เกาะโอกินาวะตอนใต้ ประเทศญี่ปุ่นประกอบด้วยเกาะหลัก 4 เกาะ ล้อมรอบด้วยเกาะเล็กเกาะน้อยกว่า 4,000 เกาะ

ตารางข้างล่างแสดงที่ตั้งและขนาดเกาะหลัก 4 เกาะ 

ลักษณะภูมิประเทศของญี่ปุ่นมีความหลากหลาย ไม่ว่าจะเป็นแนวชายฝั่งที่มีทิวทัศน์แตกต่างกัน ภูเขาสูงตระหง่านซึ่งโดยมากเกิดจากเขาภูเขาไฟที่ยังไม่สงบ พร้อมทิวทัศน์ที่เป็นหุบเขาโค้งเคี้ยวไปมา 

ดูแผนที่ขนาดใหญ่ขึ้น

อ้างอิงจากองค์การส่งเสริมการท่องเที่ยวแห่งประเทศญี่ปุ่น